Предприятие не является налогоплательщиком НДФЛ, оно лишь выступает в роли налогового агента. Налогоплательщиком является сам работник. Предприятие удерживает налог НДФЛ за каждого сотрудника и перечисляет его в бюджет, исполняя тем самым обязанности налогового агента по НДФЛ и одновременно исполняя обязанности налогоплательщика (своего работника) по уплате налога. Другими словами, предприятие является посредником между сотрудником и Налоговой в части уплаты НДФЛ. Отсюда вывод – налог платится не из «кармана» предприятия, а из «кармана» сотрудника.

Исчисленный налог - сумма доходов минус сумма вычетов и все это умноженное на ставку НДФЛ (обычно 13%).

Удержанный налог - сумма налога, который работодатель удержал из зарплаты сотрудника как налоговый агент.

Перечисленный налог - сумма налога, который работодатель, исполняя обязанность налогового агента, перечислил в бюджет.

Трудности при заполнении справок 2-НДФЛ чаще всего у работодателя возникают в связи с тем, что с отчетности за 2011 год в справке следует отражать сумму налога перечисленного. Дело в том, что работодатель в течение всего года платит общую сумму налога (в целом по организации), а распределить уплаты налога при подаче справок 2-НДФЛ надо по каждому конкретному сотруднику. Если вы заплатили ровно столько, сколько должны были, тогда проблем не будет - сумма исчисленного налога равна сумме удержанного и сумме перечисленного налога. Думать, как распределить налог по сотрудникам тут особо не надо.

Однако на практике встречаются ситуации, когда эти суммы не равны.

Причины бывают различные. Например, при пересчете налога в случае увольнения сотрудника предприятие не может удержать налог, а при несвоевременном перечислении налога в бюджет образуется недоплата.

Одной из наиболее распространенных причин в 2012 году, возможно, станет изменение законодателями сумм налоговых вычетов по детям "задним числом" за 2011 год.

Если недоплата налога не связана с невозможностью налогового агента удержать налог, то налог следует уплатить до подачи справок 2 НДФЛ. В таком случае работодатель сначала гасит недоимку, затем распределяет уплаченные суммы по сотрудникам и сдает справки, в которых будет начислено = удержано из выплат сотруднику = перечислено в налоговую.

Если недоплата налога связана с невозможностью налогового агента удержать налог, то в справке отражается удержано = перечислено, но не равно начислено. В таком случае реквизит «Признак документа» в справке пример значение «2», и заполняется строка «Сумма налога, не удержанная налоговым агентом».

Необходимо определить причину переплаты.

Если переплата не связана с излишним удержанием НДФЛ у сотрудника (например, по ошибке предприятие перечислило в бюджет больше, чем должно было), тогда предприятие может вернуть переплату, обратившись в налоговую. Зачесть переплату в счет предстоящих платежей предприятие не может ввиду особенностей исчисления и уплаты данного налога. В справках 2-НДФЛ в этом случае переплата отражаться не будет.

Если  же переплата связана с излишним удержанием у сотрудника суммы 2-НДФЛ, то она отражается в справках 2-НДФЛ и ее следует зачесть или вернуть сотруднику. Распределять по сотрудникам переплату, в этом случае, стоит с учетом излишне удержанных сумм. Подробнее о возврате/зачете излишне удержанного налога читайте здесь.